张和民族平等Microbiome突破：让宝宝增加有益菌的新途径

辨认成Squeegee可精确比对同一来引的状况污染核苷酸（如DNA提炼羰基盒、探针处理及有机体原核生物计划全过程可用的羰基），无需中性解读抽样和DNA另有量反馈；③ 针对真实世界恒原核生物数据资料集，辨认成Squeegee带有较较高的加权召回率和较高的假阳性率，可较差地比对高生物量抽样当中知悉亚型的举例来说状况污染核苷酸；④ Squeegee引导实质上于抽样的正交方法有，可有效率对应真实世界有机体组信号和状况状况污染。

【撰稿盛赞】

恒原核生物抽样当中的状况污染物核苷酸才会阻碍有机体组研究成果当中报告常为果的推论，都有是在生物量较高的抽样当中。据悉，美国莱斯大学在Nature Communications刊发除此以外据统计研究成果，联合开发了一种取而代之检校准高生物量恒原核生物抽样状况污染核苷酸工具箱Squeegee（），在校准试数据资料集和真实世界数据资料集当中，Squeegee去状况污染核苷酸效率较差（如来自DNA提炼羰基盒、探针处理及有机体原核生物计划全过程可用的羰基的状况污染）。此外，Squeegee还可扩展常用16S rRNA有机体原核生物计划数据资料，但需要注意Squeege能够可用鉴定原核生物隔开的广度和广度来已确定定义偏差，因此，同样一个精确的定义器对于在16S rRNA有机体原核生物计划数据资料上运行该工具箱至关极其重要。总之，该研究成果声称Squeegee可以较高精度地比对有机体状况污染核苷酸，毫无疑问校准试。（@宗正谦）

【出处反馈】

De novo identification of microbial contaminants in low microbial biomass microbiomes with Squeegee

2022-11-10, doi: 10.1038/s41467-022-34409-z

对于恒原核生物有机体原核生物计划，数据资料校准得越多越好？

Briefings in Bioinformatics——[13.994]

① 选取大量和当中等大小4个鸟枪法恒原核生物学（SM）数据资料集，对其展开算法叔父采样，建模不同有机体原核生物计划广度数据资料集；② 高广度SM数据资料是获得有用有机体群落常为构的有效率途径，较高广度SM数据资料虽可辨认成相似定义群和基本功能，但不阻碍整个多样性常为构；③ 对于有机体大肝和农业土壤抽样，至不及0.5M和最大有机体原核生物计划簇/抽样的叔父采样获得的常为果相似；④ 对于南极状况抽样，得来4M有机体原核生物计划簇/抽样可生成与完整数据资料集远比的常为果；⑤ 对于装配MAGs，超广度有机体原核生物计划和并能利用数据资料是有益的。

【撰稿盛赞】

在鸟枪法恒原核生物有机体原核生物计划 (SM) 当中，处理大量数据资料需要密集的计算出来和磁盘存储空在在，有研究成果媒体报道浅层有机体原核生物计划是解析SM数据资料分析有前途的途径，但缺乏可用真实世界数据资料的详细基准。据悉，研究成果人员在Briefings in Bioinformatics刊发除此以外据统计研究成果，纳入1个有机体原核生物计划量大的数据资料集（12232Gbp，912个当朝鲜人大肝抽样）、和3个有机体原核生物计划量较小的数据资料集包另有南极极端自然状况SM数据资料集（523.16Gbp，18个探针）、农业土壤抽样（202.09Gbp，72个探针）和一个另有20个生物体原核生物的建模群落，可用算法叔父采样意图对其展开处理，以已确定在这些数据资料集当中得来更小叔父集是否可得成不合理的生物学常为论。对质控核苷酸展开叔父采样，取得0.1M（远比于0.03G）、0.5M（0.14G）、1M（0. 27G）、4M（1.07G）、8M（2.14G）和12M（3.21G）个有机体原核生物计划簇（每个有机体原核生物计划簇代表者两个150 bp的reads）。辨认成浅层SM有机体原核生物计划是获得有用有机体群落常为构的必要途径，与高有机体原核生物计划广度数据资料集相比较，较高有机体原核生物计划广度数据资料集可辨认成相似的定义群和基本功能，但不会阻碍整个多样性常为构。但对于装配MAGs，超广度有机体原核生物计划和并能利用数据资料是有益的。（@宗正谦）

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High-resolution shotgun metagenomics: the more data, the better?

2022-10-30, doi: 10.1093/bib/bbac443

蔡军等：心脏菌种痉挛是糖尿病频发的原因之一

Gut Microbes——[9.434]

① 民间组织性糖尿病大鼠（SHRs）和解读组经常性心血管壁大鼠（WKYs）以及糖尿病病患者心脏当中缺少于生物体；② 移位到心脏的生物体被表皮型IgA包裹或维持L型休眠状态；③ 给新据统计鲜血清低剂量定植肺炎圣日尔曼菌，可在心脏当中辨认成该菌，声称大肝生物体移位至心脏，心脏菌种类型及基本功能与糖尿病有关；④ 糖尿病寄生物心脏寄生虫总质量增高且其余部分引于胃大肝，生物体表皮的IgA亚基酶在移位当中造就极其重要主导作用；⑤ 苦荞麦补充剂制裁可降高心血管壁，并将核心肾菌种-寄生物多样性系统通气到据统计经常性状态。

【撰稿盛赞】

当该中心阜外医院的蔡军和西安交通大学的Xinyu Liu与团队在Gut Microbes刊发文章，辨认成大肝生物体可移位至心脏，以IgA包裹的活菌状态或L型休眠状态缺少于，而糖尿病避免心脏的寄生虫总质量增高，且心脏菌种的类型和基本功能与糖尿病带有关的性。这为菌种与非传染性哮喘和心脏激素性疟疾（如糖尿病）的肺癌之在在有数参考，有助于联合开发新据统计型有机体群靶向饮食疗法。（@章台柳）

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Kidney microbiota dysbiosis contributes to the development of hypertension

2022-11-12, doi: 10.1080/19490976.2022.2143220

大肝菌种的通气或可病患左心室较高压

American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine——[30.528]

① 左心室较高压（PAH）病患者大肝菌种多样性较高，Shannon多样性指标与肺血管壁疟疾指标关的，与右心室基本功能无关；② PAH病患者带有很大的大肝有机体特性，产SCFAs和次级胆汁酸的大肝有机体基因拷贝数和物种总质量较高；③ 与大肝菌种变化相一致，PAH病患者的肝脏SCFAs和次级胆汁酸总体较高；④ 同时，PAH病患者体内富集编码方式促炎有机体激素副产物游离的大肝有机体；⑤ 相比较于普通家庭解读组，PAH病患者与身心健康解读组在在的大肝菌种和有机体激素物的变化差异性更很大。

【撰稿盛赞】

大肝痉挛可通过彻底改变有机体激素物避免免疫痉挛和全身内皮，内皮驱动左心室较高压(PAH)，然而目前对PAH当中的大肝菌种痉挛和有机体激素物知之甚不及。据悉，刊发在American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine上的这前言，对PAH病患者、堂兄弟解读和身心健康解读的老鼠展开了16S和鸟枪法恒原核生物有机体原核生物计划，并校准量肝脏当中的内皮标上物、大肝特异性和有机体激素副产物，辨认成PAH病患者带有促炎性大肝痉挛，其当中较高的循环SCFAs和次级胆汁酸可促进肺血管壁疟疾，并标明大肝菌种的通气或作为PAH潜在病患方法有。（@圆心儿）

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Pulmonary Arterial Hypertension Patients Have a Proinflammatory Gut Microbiome and Altered Circulating Microbial Metabolites

2022-03-11, doi: 10.1164/rccm.202203-0490OC

Cell叔父刊：病变菌种或许不是“同样”，而是“成卖”？

Cell Reports——[9.995]

① 对1846种针对具核贝尔病原体常为高血压转化株的活性小分叔父衍生物筛选后，辨认成15%衍生物与抗病变有关，有数氟嘧啶；② 一线肌肉注射药物5-氟尿嘧啶（5-FU）是具核贝尔病原体CRC转化株的有效率衍生物；③ 大肝病原体能激素5-FU，保护具核贝尔病原体和CRC细胞免受5-FU防护；④ CRC大肝病原体转化株还可修饰5-FU，减轻药物对其他诱发具核贝尔病原体和有机体CRC内皮毒性；⑤ 50%来自病患者的体外CRC病变菌种在5-FU掩盖后群落被破坏，带有消耗5-FU能力，可降高局部药物疗效。

【撰稿盛赞】

具核贝尔病原体是一种并不一定缺少于消化道当中的生物体，最据统计研究成果辨认成具核贝尔病原体才会重塑病变，以保护病变免受免疫攻击，并引导病变在体内蔓延。据悉，弗雷德哈钦森胃癌当中心研究成果人员在Cell Reports刊发除此以外据统计研究成果，辨认成5-氟尿嘧啶（5-FU）是一种常见的肌肉注射药物，同时也能防护具核贝尔病原体。但是来自常为高血压转化引的大肝病原体并能激素5-FU，从而保护具核贝尔病原体和常为高血压细胞免受5-FU的防护。总之，该研究成果声称在胃癌频发发展全过程当中，病变内的生物体或许并不是所作所为的同样，一些生物体也会引导病变抵抗病患，这也为未来针对这些病变菌种制定更不合理的制裁措施有数了参考。（@宗正谦）

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The cancer chemotherapeutic 5-fluorouracil is a potent Fusobacterium nucleatum inhibitor and its activity is modified by intratumoral microbiota

2022-11-15, doi: 10.1016/j.celrep.2022.111625

国外团队：双歧病原体同属或可诱导细胞因子从而预防性急性凋亡炎

Gut Microbes——[9.434]

① Abx（抗生素）短期5天处理加重急性凋亡炎（AP），而Abx据统计十年预处理3周缓解AP，两种病患仅很大依赖性大肝生物体发育并避免不同的大肝菌种，后者使双歧病原体总质量增高；② B. animali及其激素物乳酸盐可减轻新据统计鲜血清及Abx病患血清由AP避免的凋亡损害；③ 机制上，其缺少TLR4-MyD88及NLRP3-Caspase1信号依赖性NF-κB和NLRP3激活，进而依赖性细胞因子关的内皮自由基；④ 双歧病原体总质量与AP病患者疟疾严重程度 、血清IL-1β、IL-6总体圆形连续性，可作预后一个大。

【撰稿盛赞】

重症AP（急性凋亡炎）是一种心肌梗死的疟疾，能避免严重的全身内皮自由基和持续的多器官衰竭和心肌梗塞。而大肝有机体在通气AP当中造就着至关极其重要的主导作用，但关于参与AP关的内皮特定共生生物体的类型和机制的研究成果较不及。据统计期Gut Microbes刊发的一项研究成果辨认成了双歧病原体，都有是B.animali及其激素副产物乳酸盐并能很大依赖性由于急性凋亡炎避免的凋亡损害，并通过诱导NF-κB和NLRP3信号依赖性细胞因子的内皮自由基。该研究成果阐明了双歧病原体同属在诱导AP和其他免疫疟疾当中细胞因子的新据统计主导作用。（@MD）

【出处反馈】

Bifidobacterium spp. and their metabolite lactate protect against acute pancreatitis via inhibition of pancreatic and systemic inflammatory responses

2022-10-04, doi: 10.1080/19490976.2022.2127456

ENT-01可有效率病患帕金森病病患者的消化不良

Annals of Internal Medicine——[51.598]

① 150名患上消化不良的帕金森病病患者随机分为两组，93名每日低剂量ENT-01，57名每日低剂量安慰剂，持续制裁25天；② 制裁常为束后，ENT-01组病患者的每周显然民间组织吞咽（CSBM）率从0.7攀升至3.2，很大较高于安慰剂组的0.7攀升至1.2；③ 另外，相比较于安慰剂，ENT-01很大改善了病患者的民间组织吞咽及老鼠硬度，增大了泻药可用，并可改善痴呆病患者的MMSE低分及精神病病患者的SAPS-PD低分；④ ENT-01的依赖性良好，主要不良事件有数烦躁及腹泻。

【撰稿盛赞】

消化不良是帕金森病病患者表现成的非运动腹泻之一。ENT-01是一种剑尾胺磷酸盐，可依赖性α-微管核亚基与神经元细胞膜的常为合。Annals of Internal Medicine上刊发的一项2b期临床试验常为果，在150名患上消化不良的帕金森病病患者当中展开25天的制裁，ENT-01的依赖性良好，可很大增高病患者的显然民间组织吞咽，同时可增大泻药可用，并可改善痴呆及精神病腹泻。（@aluba）

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Oral ENT-01 Targets Enteric Neurons to Treat Constipation in Parkinson Disease - A Randomized Controlled Trial

2022-11-08, doi: 10.7326/M22-1438

国外团队：nm晶水溶性或可病患消化不良？

ACS Nano——[18.027]

① nm晶体水溶性（NCC）是一种稳定性圆锥nm颗粒（吸附能力较高，可清除毒素），基于啮齿动物，探究NCC对消化不良血清的病患缺点；② NCC能有效率病患消化不良，可将消化不良关的的血清一个大回复到经常性总体，通过通气大肝菌种、促进羧酸激素、胆汁酸衍生物和葡萄糖激素造就有益主导作用；③ 相比较传统药物，NCC不会引致肝神经损害，也不会引起腹泻，相比较补充剂织物，NCC用量不及，病患缺点更好；④ NCC有望作为药物和补充剂织物替代品病患消化不良，对四肢的生物安全性良好。

【撰稿盛赞】

消化不良会严重威胁境遇质量，增高常为高血压的后果，且关的药物会引致不可逆转的肝损害、阻碍磷吸收等药物。据悉，南方信息技术大学蒋兴宇、当中国地质大学胡应模、国家nm当中心查瑞涛、当中国农科院原核生物所杜然及团队在ACS Nano刊发除此以外据统计研究成果，通过nm晶体水溶性（一种稳定性圆锥nm颗粒）检验对消化不良血清的病患缺点，辨认成NCC能有效率病患消化不良，其有益主导作用与通气大肝菌种、促进羧酸激素、胆汁酸衍生物和葡萄糖激素有关。此外，相比较药物/补充剂织物，NCC不会引致肝神经损害，病患缺点更好。总之，该研究成果为未来制裁消化不良有数了新据统计指导，毫无疑问关心。（@宗正谦）

【出处反馈】

Nanocrystalline Cellulose Cures Constipation via Gut Microbiota Metabolism

2022-09-21, doi: 10.1021/acsnano.2c05809

感谢本期晚报的创作者：宗正谦，Sunflower，WK红叶，aluba，拍了小花小狗

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